もうずいぶん前になるが，研究室のサーバーに ATLAS を入れたとき，共有ライブラリをインストールしようと ldconfig を実行すると，次のように表示されて実行が失敗した．

$ ldconfig
ldconfig: Can't link /usr/local/atlas/lib//usr/local/atlas/lib/libsatlas.so to libsatlas.so
ldconfig: Can't link /usr/local/atlas/lib//usr/local/atlas/lib/libtatlas.so to libtatlas.so

そのときはとくに致命的でもなく，しばらく放置していたのだが，OS のアップグレードに合わせて ATLAS を入れ直すことになったので，ついでにこの問題の解決方法を探ってみることにした．

原因

configure を実行したあとにビルドディレクトリ下に生成される lib/Makefile の中に，次の記述がある．

LDTRY_WIN:
	$(LD) $(LDFLAGS) -shared -soname $(LIBINSTdir)/$(outso) -o $(outso) \   
           -rpath-link $(LIBINSTdir) --output-def=$(outdef) \                   
           --whole-archive $(libas) --no-whole-archive $(LIBS)

ここで，ld がライブラリファイルを生成するときに，ファイル中に完全記述 soname（インストールディレクトリのパス + ライブラリ名）を記録している．このファイルをそのままインストールディレクトリに入れて ldconfig を実行すると，ldconfig はファイルのあるディレクトリのパス + ファイルに記録された完全記述 soname，つまりインストールディレクトリのパスが２回繰り返されたパスを探しに行ってしまい，サーチが失敗する．ld / ldconfig の知識が足りないのでこの理解でよいのか自信がないが，そうなっていると思えば納得できる．

対策

上のような状況を避けるためには，soname を記録しないでリンカを実行するのが手っ取り早いと思う．必要な static ライブラリは生成されているので，これを全部 ld に渡してやればよい．具体的な手順は次のようになる．

1. とりあえず make を実行して ATLAS をビルドする．lib ディレクトリに生成物が出力される．
2. 生成物のうち，共有ライブラリ（libsatlas.so，libtatlas.so）を削除しておく．
3. 次のコマンドを実行して，soname のない共有ライブラリを新たに作成する．

   $ ld -shared -o libsatlas.so \
   --whole-archive libtstatlas.a libatlas.a liblapack.a \
   --no-whole-archive libf77blas.a libcblas.a
   $ ld -shared -o libtatlas.so \
   --whole-archive libtstatlas.a libatlas.a libptlapack.a \
   --no-whole-archive libptf77blas.a libptcblas.a
   

4. make install して，ldconfig を実行する．

ld につけるオプションは好みだが，心配なら Makefile と同じ指定をする．$LDFLAGS はビルドディレクトリ直下の Make.inc に書いてある．