R + Inkscape で PDF を扱うときの有名？な問題に，「プロット点の丸が q になる」というのがある．プロットに使われる ZapfDingbats フォントがロードされないというのが直接の原因なのだが，いろいろ試したところどうも問題は少し複雑なようだ．
| 書き出し (R) ＼読み込み (Inkscape) | Win | Mac | ||
| Win | CUI | q | q | |
| GUI | q | q | ||
| eps | CUI | ○ | ○ | |
| GUI | ○ * | ○ * | ||
| Mac | CUI | q | q | |
| GUI | ○ | ○ | ||
| eps | CUI | ○ | ○ | |
CUI は pdf / postscript 関数で直接書き出し，GUI は R の保存メニューから，Mac R では GUI からの eps 出力ができないので省略．
すべての条件で両 OS の Inkscape は同じ結果を返したので，この問題は R 側の条件で発生することが分かる．eps で出力すると，テキストがパスに置き換えられるので，フォントがなくても問題なく読み込める．Mac R GUI から PDF 出力するときもテキスト to パス変換が行われるようだ．Windows R GUI から eps 出力すると，マーカーは問題ないのだが，図全体が上下に反転するというこれまたよくあるバグが発生する (*)．
結局，postscript 関数での出力が一番安心して使えるということが分かった．というか，デフォルトの丸 (pch=1) 以外はどんな環境でもパスに変換されるので，丸も変換してよ．
2013-04-09 追記: 隣の助教の鎌谷先生も同じ問題で悩んでおられたが，最近解決方法を発見し，教えてくれた．R から出力される PDF のバージョンは 1.4 なのだが，これを 1.3 に直すとちゃんと読み込めるようになるそうだ．MacOSX の Preview で PDF を複製保存するとバージョン 1.3 で保存されるので，これを使って文字化けを回避することができる．グレイト！
2016-07-19 追記: こちらのブログ記事に正当な解決策が載りました．3年前の問題に対して5年も前に解決法があったのに気づかなかったとは．しかも普通に R のドキュメントに書いてあったし…