Warning: file_get_contents(http://scicomp.stackexchange.com/questions/5380/intel-mkl-difference-between-mkl-intel-lp64-and-mkl-gf-lp64) [function.file-get-contents]: failed to open stream: HTTP request failed! HTTP/1.1 403 Forbidden in /home/windproject/www/hnagata/wp/wp-content/themes/mytheme/functions.php on line 65

ふつうの手順でできるので慣れていれば難しくはないと思う．メモ程度に．

前提として，コンパイラセットがインストールされていて，MKL を含め PATH や LD_LIBRARY_PATH が適切に設定されているものとする． なお，手元で実行した環境は icc 13.1.3 + MKL 11.0.5 + R 3.1.1．

config.site の編集

R ソースのルートディレクトリにある config.site を次のように編集して，Intel コンパイラツール一式を使うよう変更する．

#!/bin/sh
CC=icc
CFLAGS="-O2 -wd188 -ip -std=c99 -mieee-fp"
F77=ifort
FFLAGS="-O2 -mieee-fp -ip"
CXX=icpc
CXXFLAGS="-O2 -mieee-fp -ip"
FC=ifort
FCFLAGS="-O2 -mieee-fp -ip"
AR=xiar
LD=xild
LDFLAGS=
SHLIB_CXXLD=xild
SHLIB_CXXLDFLAGS=-shared

-ip は icc の最適化オプション． MKL に LD_LIBRARY_PATH が通っていなければ，LDFLAGS=”-L$MKLROOT/lib/intel64″ などとする．

なお，この設定だと Objective C のコンパイラは依然として gcc が使われるので，Objective C コードを含むパッケージをインストールしようとすると失敗するかもしれない． いちおう OBJC= でコンパイラを指定することもできるが，そもそも Objective C 向けの Intel コンパイラはないので，どのみち適当にあしらうしかない．

configure

BLAS および LAPACK として MKL を使うようにオプション指定する．

$ ./configure --enable-R-shlib --with-blas="-lmkl_intel_lp64 -lmkl_intel_thread -lmkl_core -liomp5 -lpthread" --with-lapack

MKL は環境によってリンクするライブラリが異なるが，何をリンクすればよいかは Intel Math Kernel Library Link Line Advisor を使って調べられる．

configure できたら，あとは make すればよい．

参考

2つ目のページは gcc + MKL で R をビルドする手順の解説．gcc でビルドする場合は，リンクする MKL ライブラリが libmkl_intel_lp64.so でなく libmkl_gf_lp64.so に代わる． この二つは double complex の扱いが異なる．詳細はこちら．